食用菌菌种分母种、原种和栽培种，也就是通常说的一级种、二级种、三级种，它们的培育方法是不同的。今天我们就来说一说如何培育食用菌二级种。由于食用菌菌种的品种也有不同，培育二级种的配方也有不同。适于平菇、草菇、鸡腿菇等品种的生产用配方：棉籽壳90千克，麦麸10千克，石灰粉1千克，石膏粉1千克，过磷酸钙2千克，尿素0.3千克。该配方为平菇、草菇类品种生产用基本配方。鸡腿菇菌种生产时，应将基料进行堆酵处理。适于全针菇、真姬菇等品种的生产部方棉籽壳70千克，木屑20千克，麦麸10千克，石灰粉0.5千克，石膏粉1.5千克，过磷酸钙2千克，蔗糖0.5千克，尿素0.1千克。
适于头、灵芝、杨树等品种的生产配方：棉籽壳70千克，木屑、麦麸、玉米粉各5千克，石膏粉2千克，过磷酸钙3千克，蔗糖0.5千克，尿素0.1千克。用于灵芝、杨树菇时，可加入1~2千克石灰粉。适于白灵菇、杏鲍菇、阿魏菇等品种的生产配方：棉籽壳80千克，木屑、麦麸各10千克，石灰粉1千克，石膏粉0.5千克，过磷酸钙2千克，尿素0.2千克。适于蜜环菌的生产配方：木屑85千克，麦麸15千克，过磷酸钙2千克，石灰粉0.6千克，石膏粉1千克，过磷酸钙1.5千克。
参考配方配方一：高粱(带壳)85千克，麦麸15千克，石灰粉2千克，石膏粉1千克。该配方适于平菇、金针菇等大部分品种。其制作方法可参考常规谷粒种。配方二：*豆90千克，麦麸10千克，石灰粉1千克，石膏粉2千克。该配方适于平菇、金针菇等大部分品种。制作方法同配方配方三：稻壳糠60千克，豆渣(豆汁下脚料、湿重)千克，麦麸15千克，过磷酸钙5千克，石灰粉3千克，石膏粉2千克。该配方适于大部分品种。
注意要点：第一，注意基质不能有氨气；第二，应注意基质的通透性；第三，不可酸化后分装。此外，机制内不能有干料、灭菌到位等均属常规，不再赘述。分装及其注意要点，分装瓶袋：传统生产中大多采用~毫升废旧罐头瓶做原种容器，装料时要将基料轻轻压实，中间扎孔至瓶底，采用谷粒基质的可装1/2~2/3瓶，然后擦净瓶口及瓶身，瓶口处覆盖一块约14平方厘米或15平方厘米的聚丙烯筒料，用聚丙烯撕裂膜扎口，即可进入灭菌程序。
近年来，我们在研发工作中使用的“塑袋原种”,即以聚丙烯塑料袋为容器，替代笨重的玻璃瓶，既解决了普通罐头瓶资源紧缺的问题，又降低了生产成本，既减轻了容器自身的重量，方便携带和运输，又最大限度地解决了长途运输中的容器破碎间好处，还在于原种用过后没有破碎容器残渣对环境的影响问题，因为聚丙烯塑料袋可以回收再利用，所以，不会对环境造成污染时下，有厂家已经推出“塑料菌种瓶”,该种容器，兼具了传统玻璃瓶的易装料、发菌快和塑料袋的轻便、无残渣污染等优点。
注意要点：使用玻璃瓶时，应注意尽量减少破碎且破碎，应将残渣收起，以免影响环境；使用塑料袋的包装，也不要随丢乱弃。灭菌及其注意要点，灭菌：原种生产一般采用高压蒸汽设备进行灭菌，将装好的料瓶(袋)及时排入灭菌室内，旋紧固定螺栓，加热至压力为0.05MPa时，打开放气阀，排除冷空气，使压力表回0后，关闭放气阀，继续加热至压力表达0.5MPa开始计时，维持2小时即达灭菌目的，停止加热，使其自然降压降温除使用谷粒基质以外，棉壳、木屑、秸秆等基质的原种料瓶可采用常压灭菌方式，效果也可以。
常压灭菌时，应先将水烧开，当灭菌室内产生大量蒸汽时，再将料瓶(袋)排入，然后封闭灭菌室大火猛攻，当灭菌室内温度达℃后开始计时，之后改为慢火缓烧，使锅内水能够保持沸腾即可，维持8~12小时，灭菌完成，待其自然降压、降温。当灭菌室内温度降至80℃以下时，可打开灭菌室，取出料瓶(袋),移入冷却室，夏季可采用冷气或抽排气扇加速降温，待料瓶内温度降至28℃以下或常温(夏季)时，即可进入接种程序。常压灭菌，最忌讳的就是冷水装锅，所以，一定要将水烧开或烧热再装锅；灭菌途中不可停顿，必须保持足够的火力使之均衡产气，以达到灭菌的目的。